کنفرانس مهندسی زیست پزشکی ایران شامل ۱۱ محور اصلی است که هر یک حاوی چندین زیرمحور تخصصی می‌باشند و مقالات می‌توانند در یکی از این زیرمحورها ارسال شوند. این زیرمحورها بیانگر حوزه‌های تخصصی مورد توجه در برنامه علمی همایش بوده و مبنای سازمان‌دهی نشست‌ها، پنل‌های تخصصی و ارائه‌های علمی خواهند بود.